Dans la petite ville provençale de Plassans, au lendemain du coup d'État d'où va naître le Second Empire, deux adolescents, Miette et Silvère, se mêlent aux insurgés. Leur histoire d'amour comme le soulèvement des républicains traversent le roman, mais au-delà d'eux, c'est aussi la naissance d'une famille qui se trouve évoquée : les Rougon en même temps que les Macquart dont la double lignée, légitime et bâtarde, descend de la grand-mère de Silvère, Tante Dide. Et entre Pierre Rougon et son demi-frère Antoine Macquart, la lutte rapidement va s'ouvrir.
Premier roman de la longue série des Rougon-Macquart, La Fortune des Rougon que Zola fait paraître en 1871 est bien le roman des origines. Au moment où s'installe le régime impérial que l'écrivain pourfend, c'est ici que commence la patiente conquête du pouvoir et de l'argent, une lente ascension familiale qui doit faire oublier les commencements sordides, dans la misère et dans le crime.
"Votre comédie est tragique", écrit Hugo juste après avoir lu le livre : "Vous avez le dessin ferme, la couleur franche, le relief, la vérité, la vie. Continuez ces études profondes."